1826 yılında II. Mahmud tarafından Yeniçeri Ocağının kaldırılması ile beraber Mehterhane’de kaldırılmıştır. 1827 yılında II. Mahmud’un talimatı ile Avrupa’dakilere benzer bandolar kurulmaya başlamış, 1828’de “Muzika-i Humayun” adı ile bir bando kurulmuş başına da Fransız Manguel getirilmiştir. Fransız Manguel yetersiz olması sebebiyle onun yerine İtalyan Guiseppe Donizetti (1828-1856) getirilmiştir.
Bando, Muzika-yı Hümânyûn’un çekirdeği, ana koluydu. Askeri müzik dışındaki türlere de yönelinmesi ve geleneksel Türk müziği bölümünün kurulması ile, kadrosu ve çalışma alanı genişlemiş, Saray’daki hemen bütün müzik çalışmalarını içinde toplayan bir okul durumuna gelmiştir. Sonraları, müzikle, güzel sanatlarla ilgili olmayan etkinlikler de örgütün yapısı içine alınmıştır. Örgüt bando, orkestra, “müezzinan” denilen müezzin ve başmüezzinler ve fasıl takımları ana kollarını kapsamaktaydı. Opera, operet, koro, tiyatro, ortaoyunu, karagöz, kukla, hokkabazlık, cambazlık gibi etkinlikler de örgütün öteki kollarını oluşturuyordu. Bunlara bir ara, bir de mandolin takımı eklenmişti. Muzika-yı Hümâyûn’un ve orkestraların başına getirilen kişiler uzun yıllar yabancı uyruklu miizikçilerden özellikle İtalyanlar’dan seçildi; bunlara paşalığa kadar yükselen rütbeler verildi. Bugün kullanılan birçok müzik teriminin İtalyanca’daki biçimiyleTiirkçe’yegirmesi, Batı müziğinde ilk resmi öğretmenlerin Italyan oluşunun bir sonucudur. Muzika-yı Hümâyûn’da müzik dersleri dışında, Türkçe, Fransızca, Farsça, Arapça yazı dersleri de okutuluyordu. Türk ve Batı müziği dallarında ünlenen pek çok sanatçı burada yetişmiş, sonra da Saray’daki çeşitli topluluklara yönetici olmuştur. Bu sanatçılar Türk ve Batı müziği bilgilerini bir arada öğrenmişlerdir. Örgütün yabancı uyruklu komutanları, Türk müziği makamları ya da havası içinde marşlar bestelemişler, öğrencilerini de marş bestelemeye yöneltmişlerdir. Bugün bandoların çaldığı marşların çoğu Muzika-yı Hümâyûn’da yetişmiş bestecilerin yapıtlarıdır. Kimi besteciler çoksesli yapıtlar yazmışlar, ayrıca, klasik Türk müziğine ait yapıtları Batı müziğinin temperament sistemine göre çokseslendirmişlerdir.
I. Abdülmecid (1839-1861) döneminde bu teşkilat geliştirilmiş ancak Abdülaziz (1861-1876) ile Muzika-i Humayun gerileme dönemine girmiştir. Bunun sebebi ise Abdülaziz’in çok sesli müziğe ilgi ve sevgisinin az olmasıdır. II. Abdülhamit‘in tahta geçmesi ile beraber (1876-1909) tekrar bu alanda atılım yapılmış, Sultan Reşad (1909-1918) ile beraber bandoların başına Türk yöneticiler atanarak gelişme devam ettiiysede kadrosu yavaş yavaş azaltılan Muzika-yı Hümâyûn bir saray bando ve orkestrasına dönüştü, 1924’te Cumhurbaşkanlığı’na bağlanarak Riyaset-i Cumhur Musiki Heyeti adını aldı; Riyaset-i Cumhur incesaz Heyeti ile Riyaset-i Cumhur Orkestrası Muzika-yı Hümâyûn’un devamı sayılabilir. Öte yandan, mehter takımı 1914’te Müze-i Asker-i Osmanî’ye bağlı olarak, Mehterhane-i Hakanı adıyla yeniden kurulmuş, I. Dünya Savaşı ile Kurtuluş Savaşı sırasında etkinlik göstermiştir. 1935’te Milli Savunma Bakanlığı’nca, bir kez daha kaldırılmış, ancak, 1953’te Askeri Müze’ye bağlı olarak yeniden kurulmuştur. Bugün Silahlı Kuvvetler’in bir mehtaran bölüğü vardır.
Muzika-yı Hümâyûn’un bellibaşlı komutanları ile orkestra şefleri şunlardır: İtalyan asıllı Donizetti Paşa, Guatelli Paşa, Bizani, 19. yy’ın en tanınmış orkestra şeflerinden Atıgelo Mariani, Ermeni asıllı Fransız Dussap Paşa, İspanyol uyruklu Aranda (D’arenda) Paşa, Osman Paşa, Necip Paşa, Miralay Safvet bey (Atabinen), Zati Bey (Arca), Zeki Bey (Üngör).