Muhammed Abduh, özellikle hayatının son döneminde İslâmî ilimler ve uzun vadeli hedefler üzerinde yoğunlaşmıştır. Kısa otobiyografisinde, sıraladığı temel hedeflerinin başında düşüncenin taklit zincirinden kurtarılması ve dinin henüz ihtilâfların çıkmadığı dönemde Selefin anladığı metotla ve ilk kaynaklarından hareketle anlaşılması gereğine vurgu yapar. Bu arada dinle akıl ve ilim arasındaki yakın İlişkiye temas eder. İtikadı Asr-ı saadette olduğu gibi saf hale getirmenin yanında akıl ve ilimle ilişkisini güçlendirerek değişen dünya şartlarında dinin rolünü tekrar etkinleştirmeyi amaçlayan Abduh, kelâm ekolleri arasındaki teolojik ihtilâflar ve teorik tartışmalar üzerinde durmanın gereksiz olduğunu, Allah’ın zâtı yerine O’nun mahlûkatı üzerinde düşünmenin hem dinin emrine hem de insanın ihtiyacına daha uygun düştüğünü belirtir. Buna karşılık peygamberlere ve vahye olan ihtiyaca geniş yer verir ve bunu bütün büyük dinler ve filozoflar tarafından insanda bulunduğu kabul edilen sonsuzluk(bekâ) isteğiyle insanların cemiyet halinde yaşayabilmesi için ahlâk, fazilet ve yüksek değerlere muhtaç olmaları gibi gerekçelere dayandırır. Duyular dışında herhangi bir bilgi kaynağı bulunmadığını söyleyen veya bu konuda mütereddit davranan kişileri cehaletle suçlayan Abduh’a göre vahye karşı olumsuz tavır sergilemenin sebebi sorumluluktan kaçma isteğidir. Dinî emirler insanları birtakım nefsânî arzulardan mahrum bıraktığı ve aşırılıklardan alıkoyduğu için bazıları dine cephe almaktadır. Halbuki fert ve toplumun ruh ve beden dengesini gözeten bu emirlere ihtiyaç bulunduğu aklıselim sahibi herkes tarafından kabul edilmektedir.
Muhammed Abduh kader konusunda tartışmalara girilmesini tasvip etmemekle birlikte bir kısım ulemânın, kulların fiilleri hakkında kesb kavramına yer verilmesini Allah’a şirk koşma şeklinde değerlendirmesini de doğru bulmaz. Ona göre ameller her durumda kesb ve ihtiyarla gerçekleşir ve Allah’ın ilminin değişmezliği insanların kendi iradelerini kullanmalarına engel teşkil etmez. Abduh’un insana atfettiği kesb klasik Eş-‘arî anlayışından çok daha geniş bir yetki ve hürriyet içermekte, Mâtürîdî’nin fikirlerine daha yakın görünmektedir.
Tefrikayı önleyip müslümanları daha gerekli işlere yönelteceği düşüncesiyle Selef metoduna uygun bir akîdeye öncelik verse de birçok konuda yaptığı yorumlar ve akılcı yaklaşımları dikkate alındığında Abduh’un klasik anlamda bir Selefi olarak değerlendirilmesi isabetli olmaz. M. Reşîd Rızâ onun, kelâmullahın kadîm oluşunu okunan lafzı Kur’an’a da teşmil eden Hanbelî / Selefi görüşe yaptığı eleştiriyi Risaletü’t-tevhîd’m ikinci baskısından çıkarmak istediğini söylemekle beraber başka bir yazısında bu görüşe muhalefetinde ısrar ettiği görülmektedir. Nitekim akla yaptığı vurgu ve farklı yorumları sebebiyle bazı şarkiyatçılar onu Yeni Mu’tezile akımının temsilcisi diye kabul etmiştir. Ancak Mu’tezile’ye yönelttiği eleştiriler yanında düşüncesi bir bütün olarak göz önüne alındığında böyle bir değerlendirmenin doğru olmadığı anlaşılır.
Muhammed Abduh’un itikadı meselelerde bazı tartışmalara sınır getirip bunların bilinemeyeceğini belirtmesi ve âlemin kıdemi gibi konularda filozofları tekfir etmemesi, İngiliz sömürge valisi ve bazı Batılı yazarlar tarafından agnostik veya inançsız olarak nitelenmesine yol açmışsa da () onun inkarcı düşünceler hakkındaki görüşü reddiyelerinde açıkça bellidir ve söz konusu yorumların sübjektif olduğu sonraki araştırmalarda ortaya konmuştur.
Tefsir kitaplarında Kur’an’ın ruhuna uymayan yorumların ve yanlış bilgilerin yer aldığını, vahyin mesajının gramer kuralları ve müfessirlerin görüşleri arasında kaybolduğunu, bu yüzden Kur’an’ın toplum hayatından uzaklaştırılıp ölülere ve hastalara okunan bir metin haline getirildiğini, halbuki Kur’ân-ı Kerîm’in birinci önceliğinin insanların ilmî ve ahlâkî seviyelerini yükseltip içtimaî durumlarını düzeltmek olduğunu belirtir ve fıkhî meselelere az yer verilmesini de Kur’an’ın bu Özelliğine bağlar. Ona göre müteşâbih âyetlerin varlığı insanların düşünce alanını genişletme gayesine matuftur; kâinatı ve canlı varlıkları araştırma çağrısı İslâm dininde hiçbir kayıt ve şarta bağlı değildir. Öte yandan Abduh, bütün bir tefsir yerine günün ihtiyaçları doğrultusunda kısmî tefsirlere ihtiyaç bulunduğunu söyler.
Abduh’a göre Kur’an’a ve içindeki amelî hükümlere inanan, fakat diğer bazı gaybî konulan kavramakta güçlük çeken entelektüellerin bunlar hakkında kendi İlmî kapasitelerini tatmin edecek te’viller yapması imanlarına zarar vermez. Müslümanların da ilmen sabit olmuş konularda uzmanlarla çekişmesi veya bazı haber-i vâhid rivayetleri doğrulamak için ilimde delili bulunmayan şeyleri savunması doğru olmaz. Bu yaklaşımıyla Kur’an ve ilim arasında uzlaştırma çabalarına büyük önem verir ve bazı âyetleri kendi zamanındaki bilim anlayışına ve bilimsel verilere göre yorumlamaya çalışır. Nitekim Tefsîrü’l’Menûr’da Abduh’a atfen tabiat üstü varlıkların ve mucizelerin izahıyla ilgili farklı tevillere yer verilmiştir. Bunlar arasında cinlerin mikropların bir cinsi olabileceği, Ebrehe ordusunu taşlarla helak eden kuşların hastalık taşıyan sinekler şeklinde anlaşılabileceği, insanların sadece Hz. Âdem’den değil ırklarına göre çeşitli insan orijinlerinden geldiklerinin düşünülebileceği, Hz. Meryem’in îsâ’ya babasız hamile kalmasının çocuk sahibi olacağına dair ilâhî habere kuvvetli imanının oluşturduğu psikolojiyle izah edilebileceği şeklinde yorumlar bulunmaktadır.
Muhammed Abduh ictihad ruhundan uzaklaşmanın, nasların hikmet ve maksatlarından çok lafız ve şekil unsuruna önem verilmesinin olumsuz sonuçları üzerinde ısrarla durur; fıkhın otoritesinin ve müslümanlar arasındaki bilimsel iş birliği anlayışının yeniden tesis edilmesini sağlayacak kolektif çalışmalar yapılması gerektiğini savunur. Mısır müftüsü iken verdiği fetvalarda tek bir mezhebin sınırlan içinde kalmayıp maslahat prensibine özel önem atfeden Abduh’a göre sigorta ve tasarruf sandıkları mudârebe akdi çerçevesinde caizdir. Uzun süreli hapis, kaybolma, geçimsizlik, hastalık gibi durumlarda mahkeme kararıyla kadına boşanma hakkı doğar. Birden fazla kadınla evlenme izni yöneticiler tarafından kaldırılabilir. Kutsama ve yüceltme vesilesi kılınmamak şartıyla resim ve heykel yapılabilir. Kabirlerin üzerine bina, kubbe ve türbe inşa ederek bunları ziyaretgâh haline getirmek caiz değildir. Muhammed Abduh, “Transvalya” adıyla meşhur olan fetvasında da şapka vb. kıyafetleri giymenin, kesim şekli kendi dinlerine uygun olduğu sürece Ehl-i kitabın kestiklerini yemenin ve farklı mezhebe mensup imamın arkasında namaz kılmanın caiz olduğunu ifade eder. Abduh’un bu tür fetvalarında mezhepler üstü veya onları uzlaştıran bir yaklaşım ortaya koyması zamanındaki bazı muhafazakâr âlimlerin tepkisini çekmiştir.
Şeyh Dervîş ile yaşadığı tecrübenin etkisiyle tasavvufun maneviyatı güçlendirme ve nefsi terbiye etmedeki rolünün farkında olan Abduh sûfîlerin fukaha tarafından takibata uğratılıp sindirilmesini yanlış bulur. Kendisi de Şâzeliyye tarikatına intisap etmekle birlikte çeşitli tarikat mensupları arasında yaygınlaşan Allah ile kul arasında tevessül, hulul veya şeyhten el alma gibi anlayışları tenkit etmiş, Sa’diyye gibi tarikatların çalgılı ve yüksek sesli zikir meclislerine karşı çıkmış, bunların naslarda bir delilinin ve Asr-ı saâdet’te uygulamasının bulunmadığını söylemiştir. Ayrıca felsefî tasavvuf görüşlerinin halka ulaşmasını da uygun bulmamış, bu sebeple basın yayın kontrolünden sorumlu olduğu yıllarda İbnü’I-Arabî’nin el-Fütûhâtü’î’Mekkîyye gibi eserlerinin basılmasına sadece ehli tarafından okunabileceği gerekçesiyle izin vermemiştir.
Muhammed Abduh İslâm filozoflarının, Kur’an ve Sünnet’in teşvikleri doğrultusunda sanatı geliştirip kâinatın sırlarını ve mutluluğa giden yolları keşfetme konusunda diğer din mensuplarına göre daha özgürce hareket edebildikleri, ancak Yunan düşüncesine ve özellikle Eflâtun ve Aristo’ya hayranlık ve taklit derecesinde bağlılık gösterip din âlimlerinin tepkisini çekecek kadar ilahiyat sahasındaki tartışmalara girmekle hataya düştükleri, böylece ilim ve medeniyetin gelişmesine yapabilecekleri katkıyı azalttıkları kanaatindedir.
TDV İslâm Ansiklopedisi